李宗恩生于1894年9月26日，江苏常州人。早年入上海震旦学校|公海彩船网学习法文，后赴英国留学。1920年，他毕业于英国格拉斯哥大学|公海彩船网，获医学学士和化学学士学位。1922年，他在伦敦大学|公海彩船网伦敦卫生和热带病学院|公海彩船网获得热带病学和卫生学博士学位。1921年4月至9月，参加英国皇家丝虫病委员会赴西印度考察热带病，随后任职于格拉斯哥西部医院，至1923年回国。1923年至1937年任职于北平协和医学院|公海彩船网，历任助教、准教授、副教授、襄教授、教授。1937年全面抗战爆发后，李宗恩奔赴西南参加抗战工作，筹建了贵阳医学院|公海彩船网，并于1938年至1947年5月担任校长和热带病学教授。
抗战胜利后，李宗恩于1947年5月31日就任北平协和医学院|公海彩船网校长，主持复校工作。1948年获选为第一届中央研究院院士。中华人民共和国建国后，李宗恩历任北京协和医学院|公海彩船网校长、中华医学会副会长。1957年，李宗恩被错划为“右派”，随后到昆明医学院|公海彩船网工作。1962年，李宗恩病逝于昆明。
